फरीदाबाद से स्थानांतरण के उपरांत क्षेत्रीय कार्यालय, चंडीगढ़ ने दिनांक 16.07.1981 को सेक्टर 34, चंडीगढ़ स्थित एक किराए के भवन से कार्य करना प्रारंभ किया। श्री आर.पी. वशिष्ठ ने क्षेत्रीय कार्यालय के प्रथम सहायक आयुक्त के रूप में कार्यभार संभाला।
स्थान की कमी के कारण क्षेत्रीय कार्यालय को बाद में सेक्टर 20, चंडीगढ़ स्थित एक किराए के भवन में स्थानांतरित किया गया। वर्ष 1999 में क्षेत्रीय कार्यालय को केन्द्रीय विद्यालय, ओ.सी.एफ., सेक्टर 29, चंडीगढ़ के भवन में स्थानांतरित किया गया, जहाँ यह दिनांक 13.05.2003 तक कार्यरत रहा।
केन्द्रीय विद्यालय संगठन, क्षेत्रीय कार्यालय, चंडीगढ़ के वर्तमान भवन का उद्घाटन दिनांक 14.05.2003 को तत्कालीन आयुक्त, केन्द्रीय विद्यालय संगठन, श्री एच.एम. केयर, आई.ए.एस. द्वारा किया गया। यह दक्षिण मार्ग (ट्रिब्यून चौक के निकट), चंडीगढ़ पर स्थित एक सुंदर चार मंजिला भवन है। भवन में पर्याप्त आधारभूत सुविधाएँ उपलब्ध हैं। भूतल पर प्रशासनिक शाखा, प्रथम तल पर लेखा शाखा तथा द्वितीय तल पर उपायुक्त एवं सहायक आयुक्त के कार्यालय स्थित हैं। शीर्ष तल पर एक सुसज्जित सम्मेलन कक्ष, पुस्तकालय एवं अतिथि कक्ष स्थित हैं।
भवन में जनरेटर, वातानुकूलन सुविधाएँ एवं कंप्यूटर आदि की समुचित व्यवस्था उपलब्ध है।
वर्तमान में श्री अनुराग भटनागर दिनांक 23.04.2026 से उपायुक्त के रूप में संस्थान का नेतृत्व कर रहे हैं।